例如：FAT、exFAT、NTFS、HFS、HFS+、ext2、ext3、ext4、ISO 9660、ODS-5和UDF。有些檔案系統是行程檔案系統（也有譯作日誌檔案系統）或者追蹤檔案系統。
其中
由微軟推出的檔案系統格式有FAT12、FAT16、FAT32、NTFS、exFAT
磁叢數FAT12＜4085≦FAT16＜65525≦FAT32
FAT12
初期的FAT就是現在俗稱的FAT12。作為軟碟的文件系統，它有幾項限制：不支援分層性結構，叢集定址只有12位元也就是說只支援最多2^12/1024*8=32M的檔案大小。
FAT16
DOS、Windows
95都使用FAT16檔案系統，Windows
98/NT/2000/XP等系統均支援FAT16檔案系統。它最大只能支援2GB的檔案，每個分割最多只能有65,525個叢集。
FAT32
隨著大容量硬碟的出現，從Windows 98開始，FAT32開始流行，它是FAT16的增強版本，可用在容量為512MB到2TB（2048GB）的硬碟上。FAT32使用的叢集比FAT16小，從而有效節約硬碟空間。目前，幾乎所有的 USB 流動式儲存裝置和記憶卡，都會預先以 FAT32 檔案系統格式化，以便獲得市場佔有率達九成多的視窗操作系統的支援。FAT32
檔案系統歷史悠久，由十幾年前的windows 95 OSR2 版本起開始支援，以取代舊有的 FAT12 和 FAT16 系統。
FAT32 每個檔案最多只容許 2^32 位元組，也就是大約 4GB 容量的限制
exFAT
微軟於 2006 年年尾率先在 Windows Embedded
CE 6.0 推出了被人稱之為「FAT64」的全新 exFAT
檔案系統。exFAT 檔案系統把每個檔案的容量限制定為
2^64 位元組，也就是 16 EB（1 EB =
1,048,576 TB），亦容許每個資料夾可擁有超過 65,536 個檔案，足夠未來至少十年的應用。
NTFS
NTFS是Windows
NT以及之後的Windows 2000、Windows XP、Windows Server 2003、Windows Server 2008、Windows Vista和Windows 7的標準檔案系統。NTFS檔案系統是一個基於安全性的檔案系統，它建立在保護檔案和目錄數據基礎上，同時照顧節省儲存資源、減少磁碟占用量。它採用了更小的叢集，可以更有效率地管理磁碟空間。不但降低了磁碟空間的浪費，還減少了產生磁碟碎片(fragment)的可能。
NTFS支援檔案加密管理功能，並能對用戶的操作進行記錄，通過對用戶權限進行非常嚴格的限制，使每個用戶只能按照系統賦予的權限進行操作，充分保護了系統與數據的安全。
結構
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FAT12
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FAT16
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FAT32
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NTFS
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exFAT
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發布
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1980年前（微軟Disk BASIC）
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1987年11月(Compaq DOS
3.31)
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1996年8月(Windows
95OSR2)
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1993年7月
(Windows NT 3.1)
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2006年11月 (Windows
Embedded CE 6.0)
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最大檔案大小
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32 MB
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2 GB
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4 GB
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受最大分割容量影響
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16 EB
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最長檔名限制
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8.3 或者 長檔名255個字元(UTF-16）
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255個字元（UTF-16）
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255個字元（UTF-16）
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作業系統支援
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-
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Windows NT、Windows 2000、Windows XP、Windows Server 2003、Windows Vista、Windows Server 2008、Windows 7、Mac OS X 10.3或以上(僅限讀取)、Linux
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Windows Embedded CE 6.0
、Windows XP SP2/SP3
(KB955704)、Windows Vista SP1、Windows
Server 2008、Windows 7、Linux、Mac OS X 10.6.5
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最大分割容量
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32MB
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2 GB、4GB
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32GB、2TB、8TB
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2TB
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16EB（理論值）
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